Cụ thể, Công văn 5577 quy định, khi tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ hải quan đối với tờ khai vận chuyển độc lập, công chức tiếp nhận thực hiện kiểm tra, đối chiếu giữa số hiệu container theo khai báo trên tờ khai vận chuyển độc lập với số hiệu container khai báo trên tờ khai xuất khẩu để xác định sự phù hợp chính xác của thông tin khai báo trước khi phê duyệt tờ khai vận chuyển độc lập. Trường hợp kiểm tra đối chiếu phát hiện có thông tin sai khác, phát hiện số hiệu container không thuộc tờ khai xuất khẩu nào khai báo trên tờ khai vận chuyển độc lập thì không phê duyệt tờ khai vận chuyển độc lập này đồng thời chuyển thông tin cho đơn vị kiểm soát của Cục xem xét, làm rõ.

Theo Cục Hải quan Đồng Nai, việc đối chiếu số hiệu container trên tờ khai vận chuyển độc lập với số hiệu container trên tờ khai xuất khẩu chỉ phù hợp với thực tế khi hàng hóa trong container thuộc tờ khai xuất khẩu chưa được, hoặc không được, bóc ra khỏi container và chỉ phù hợp với việc mở tờ khai vận chuyển độc lập đối với các ICD, địa điểm tập kết hàng hóa hoặc các cảng ở cửa khẩu.

Đối với hàng hóa từ các kho ngoại quan mở tờ khai vận chuyển độc lập đi các cảng và các kho ngoại quan khác thì số container trên tờ khai vận chuyển độc lập sẽ có trường hợp khác với số container trên tờ khai xuất khẩu. Nguyên nhân là do khi chủ hàng hóa xuất khẩu và các kho ngoại quan (có thể đóng hàng hóa vào container hoặc đóng trên xe tải) một thời gian sau chủ lô hàng trên mới làm thủ tục xuất khẩu từ kho ngoại quan ra nước ngoài, hoặc qua các kho ngoại quan khác và khi mở tờ khai vận chuyển độc lập để đóng hàng hóa sẽ dùng container có số hiệu khác với số hiệu container đã đóng hàng xuất khẩu vào kho ngoại quan ban đầu.

Từ thực tế trên, Cục Hải quan Đồng Nai nhận thấy, việc thực hiện kiểm tra, đối chiếu giữa số hiệu container theo khai báo trên tờ khai vận chuyển độc lập với số hiệu container khai báo trên tờ khai xuất khẩu để xác định sự phù hợp chính xác của thông tin khai báo trước khi phê duyệt tờ khai vận chuyển độc lập trong một số trường hợp không áp dụng được đối với tờ khai vận chuyển độc lập xuất khẩu từ kho ngoại quan.

Theo đó, Cục Hải quan Đồng Nai đề nghị Tổng cục Hải quan có hướng dẫn thực hiện thống nhất trong toàn ngành. Trong thời gian chờ hướng dẫn, Cục Hải quan Đồng Nai vẫn chỉ đạo các chi cục Hải quan trực thuộc có quản lý kho ngoại quan thực hiện kiểm tra, đối chiếu giữa số hiệu container theo khai báo trên tờ khai vận chuyển độc lập với số hiệu container khai báo trên tờ khai xuất khẩu đối với các trường hợp vận chuyển độc lập không thay đổi số hiệu container.